上海铁路运输检察院始建于1954年，并于1982年恢复重建，于2012年6月正式移交上海市人民检察院，实行属地管理，接受上海市人民检察院全面领导和上海市人民检察院第三分院（铁检分院）业务指导，是具备跨行政区划属性、办理专业化特殊案件的专门检察院。