第一检察部

主要负责本市城市轨道交通、民航、水运领域刑事犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件补充侦查。

主要负责本院管辖范围内的未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪刑事案件审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉等刑事检察、刑事执行检察、民事行政检察监督及公益诉讼。

第二检察部

主要负责本市铁路领域刑事犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件补充侦查。

主要负责本市城市轨道交通、民航、水运领域危害国家安全、公共安全类以及故意杀人、抢劫、邪教、毒品犯罪刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件补充侦查。

主要负责对法院执行刑罚活动的监督。

第三检察部

主要负责本市破坏环境资源保护、危害食品药品安全领域刑事犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件补充侦查。

主要负责对监委移送涉铁路领域及上级院交办的职务犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展审判监督及相关案件补充侦查。

第四检察部

主要负责对上海铁路运输法院的生效民事、行政判决、裁定、调解书进行监督，对民事、行政审判程序中审判人员违法行为及执行活动进行监督；对本院提起诉讼或者支持起诉的民事、行政公益诉讼案件，履行诉讼监督职责。

第五检察部

主要负责涉铁领域、本院管辖案件中发现的生态环境和资源保护、食品药品安全、国有资产保护、国有土地使用权出让和英烈名誉权保护等领域相关行政公益诉讼、民事（含刑事附带民事）公益诉讼。

第六检察部

主要负责受理信访、申诉、控告，办理国家赔偿案件和国家司法救助案件等；负责检察理论研究、法律政策研究、检委会日常工作；负责案件的统一受理流转、办案流程监控、案件质量评查、业务数据分析研判等。

综合保障部

主要负责机关党建、干部人事、教育培训、考核考评、离退休干部管理等政工工作；负责办理检察事务、督办重大工作、联络人大代表，文件起草、检察信息、宣传、档案管理等办公室工作；负责督察遵章守纪、执法办案规范情况，参与违规违纪案件的调查、审理等检务督察；负责机关行政装备、物资、财务以及司法警察、检察技术、信息化管理维护等检务保障。